هسته اولیه مجموعه نگین کویر در سال 95 که متشکل از جوانان اهل فن و متخصصان حوزه کشاورزی و با همکاری کشاورزان باتجربه شکل گرفت و در زمین هایی در خطه خراسان که چندین نسل به شیوه سنتی کشت وزرع در آن
صورت میگرفت و هیچگونه کود، سم و افت کش های شیمیایی در آنها استفاده نشده است،و این مجموعه توانست که بابازرسی متخصصین امر ارگانیک و با گذار از فرایند های لازم به مفهوم اصیل ارگانیک دست یابد تا بتواند استاندارد ملی ارگانیک و استاندارد ارگانیک اروپا را اخذ نماید.