زعفران ارگانیک، شیوه ای از کشاورزی است که طی آن در هیچ یک از مراحل کاشت تا برداشت، جمع آوری و بسته بندی محصول از کود شیمیایی استفاده نمی شود و زعفران بدون دخالت یا بدون مصرف آفت کشها، کودهای شیمیایی و ترکیبات اصلاح شده ژنتیکی تولید شده باشد. تغییر الگو های کشت و تولید زعفران ارگانیک دغدغه های اصلی شرکت زعفران کیان توس بوده است.

این شرکت موفق شد در سال ۱۳۹۴ گواهی تاییدیه T3 ( مرحله گذار ) و در سال ۱۳۹۵ گواهی تولید، و فراوری و صارات زعفران ارگانیک را از شرکت بازرسی مورد تایید اروپا دریافت کند .